Profissionais especializados em fiscalização orçamentária, financeira, patrimonial e operacional compõem o quadro funcional do Tribunal de Contas de Pernambuco. Constam do quadro funcional no grupo ocupacional de controle externo, auditores e técnicos de auditoria, auditores de saúde, inspetores e técnicos de obras públicas. Além desses profissionais, analistas de sistemas desenvolvem trabalhos específicos relativos a auditorias de TI.

Os julgamentos são conduzidos por órgãos colegiados, formados por conselheiros, que proferem as deliberações do TCE. No caso do Tribunal, compõem os órgãos colegiados o tribunal Pleno, composto pela totalidade dos sete conselheiros e duas Câmaras, cada uma composta por três Conselheiros. Os conselheiros substitutos auxiliam os conselheiros, substituindo-os e contribuindo para as deliberações do TCE.

Regras estabelecidas nas Constituições Federais e Estaduais são seguidas no processo de nomeação dos Conselheiros.

Os dispositivos legais conferem à Assembleia Legislativa a indicação de quatro nomes e ao Governador do Estado, três. Nesse último caso, a indicação dos três nomes deve ser posteriormente submetida à aprovação do Plenário da Assembleia Legislativa.

O Governador escolhe dois conselheiros a partir de duas listas tríplices com sugestões de nomes elaboradas pelo Tribunal Pleno. Os nomes que constam nas listas são de auditores e de procuradores do Ministério Público de Contas junto ao TCE-PE, de acordo com critérios de antiguidade e merecimento.

As competências dos órgãos deliberativos do TCE estão discriminadas nos Artigos 101 a 103, respectivamente, da sua Lei Orgânica.

As atribuições de caráter técnico e administrativo estão regulamentadas na Lei Nº 12.594/2004 (Lei de Estrutura Organizacional) e complementadas no Manual da Organização.